免疫肽組（immunopeptidome）是指由主要組織相容性復(fù)合體（MHC，在人類中稱為 HLA）分子結(jié)合并遞呈在細(xì)胞表面的肽段總和，也被形象地稱為配體組（ligandome）。這些肽段主要源自細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)的蛋白酶體降解（MHC I 類路徑）或細(xì)胞攝取的胞外蛋白質(zhì)在內(nèi)體中的加工（MHC II 類路徑）。其生物學(xué)意義在于：

• 免疫監(jiān)測(cè)狀態(tài)指示：免疫肽組向T細(xì)胞實(shí)時(shí)展示細(xì)胞內(nèi)部及周圍環(huán)境的健康狀態(tài)，使免疫系統(tǒng)能夠識(shí)別感染、惡變或外源性抗原。

• 界定“自我"與“非我"：它是T細(xì)胞發(fā)育中胸腺篩選的基礎(chǔ)，也是自身免疫疾病、器-官移-植排異和抗腫瘤免疫的核心靶點(diǎn)。

• 非典型來源的隱秘肽：癌組織中存在大量隱秘肽段，源自基因組中的非編碼區(qū)，如長(zhǎng)鏈非編碼RNA（lncRNA）、5’ UTR、3’ UTR和替代閱讀框（intORF），具有作為免疫治療靶點(diǎn)的可能性。

免疫肽組學(xué)技術(shù)利用液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜（LC-MS/MS）對(duì)免疫沉淀獲得的MHC-肽復(fù)合物進(jìn)行高通量鑒定，在蛋白質(zhì)水平讀取結(jié)合在MHC分子上的肽段，直接回答“免疫系統(tǒng)究竟看到了什么"。

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文章解析11份HLA-I陽性PDO的免疫肽組，共鑒定到9萬多種HLA-I結(jié)合肽（HLAp），每例患者樣本8000-18500種HLAp。scRNA-seq結(jié)合PSGM（peptide source gene module）分析證實(shí)PDO中的HLAp相比腫瘤塊檢測(cè)結(jié)果特異性富集了惡性細(xì)胞特征。

與之形成鮮明對(duì)比的是，11份PDO中檢測(cè)到1700多種來自于基因組非編碼區(qū)的非典型HLA結(jié)合肽（ncHLAp），占免疫肽組的2.2-10.1%，包括500多種在正常組織中沒有檢出的癌癥限制性隱秘抗原（CR ncHLAp）。而且相比個(gè)體差異極-高的mutHLAp，CR ncHLAp呈現(xiàn)較高的患者間共性（29%在多名患者樣本中檢出）。

隨后作者發(fā)現(xiàn)36.3%的CR ncHLAp在體外實(shí)驗(yàn)中表現(xiàn)出免疫原性，能夠激活供體來源的細(xì)胞毒性T細(xì)胞。而且靶向高親和力CR ncHLAp的TCR-T細(xì)胞能夠在PDO及移植動(dòng)物模型中抑制腫瘤生長(zhǎng)，驗(yàn)證了CR ncHLAp作為免疫治療靶點(diǎn)的應(yīng)用潛力。

• 發(fā)現(xiàn)：利用Bio X Cell的W6/32抗體對(duì)PDO裂解液進(jìn)行HLA-I免疫沉淀，以捕獲HLA-I分子及其結(jié)合的肽段，并通過免疫肽組學(xué)鑒定PDAC限制性隱秘抗原庫。

• 驗(yàn)證：在將類器官與TCR-T細(xì)胞體外共培養(yǎng)時(shí)，使用Bio X Cell的W6/32抗體（50μg/mL）預(yù)處理類器官30分鐘，以阻斷其表面的HLA-I分子，結(jié)果TCR-T細(xì)胞的抗原特異性殺傷作用被抑制，證實(shí)其識(shí)別和殺傷依賴于HLA-I。